PhD in the population dynamics of vector-borne diseases

Recent and massive emergence events of bluetongue and Schmallenberg disease of the last decade have identified Culicoides midges to be among the most important vectors of animal diseases in Europe. In general, the basic reproductive ratio (R0) provides fundamental information for disease control. For vector-borne diseases, R0 depends critically on vector abundance, which exhibits strong spatial and temporal heterogeneity and thus remains very difficult to estimate for Culicoides. There is an urgent need to improve predictive performance of Culicoides abundance models and reduce uncertainties in key ecological parameters.

The aims of this thesis are to develop multiple-species population dynamics models, link them with models of virus transmission and assess the impact of parameter uncertainty on estimates of R0. The candidate will have access to time-series data from the French National Culicoides Surveillance Network which, since 2004, has generated digital records of over five million midges, 80 species and at 160 geographical locations in France. Complimentary data will also be available from our laboratory colony of Culicoides and expert entomologists.

Applications are invited for a fully-funded three-year PhD studentship available from September 2013. The candidate will be based in Guadeloupe (French West Indies), in the Cirad-Inra mixed research unit Control of exotic and emergent animal diseases (CMAEE), with regular meetings and visits with team members based in Montpellier, France. He/she will work in close contact with researchers of different disciplines (modellers, epidemiologists, entomologists, etc.). He/she is expected to develop statistical and mathematical models of vector dynamics and disease transmission, keeping in consideration practical users’ objectives and field applications of the models.

Applications are welcome from candidates with a Master’s Degree (or equivalent) with interests including: mathematical biology, non-linear dynamics, computational biology, Bayesian statistics, ecological and epidemiological modeling, environmental remote sensing and multivariate analysis. Familiarity with scientific programming within a Linux environment would be advantageous. Proficiency in both French and English would be highly desirable as i) the PhD will take place in an internationally recognised laboratory within a French speaking country and ii) scientific papers will be written in English. The PhD will include stays in continental France.

Interested candidates are invited to contact Dr. David Pleydell (David.Pleydell@antilles.inra.fr) and Dr. Helene Guis (helene.guis@cirad.fr) for further details.

Closing Date: 30th June 2013
Interview date: July 2013

Thèse sur la dynamique de population des maladies vectorielles

Les Culicoides font partie des vecteurs les plus importants de maladies animales en Europe du fait des émergences récentes et massives de fièvre catarrhale ovine et de Schmallenberg ces dix dernières années. Le taux de reproduction de base (R0) est un outil crucial pour le contrôle des maladies. Pour les maladies vectorielles, R0 est étroitement dépendant de l’abondance des vecteurs qui présente une forte hétérogénéité spatio-temporelle et demeure difficile à estimer pour les Culicoides. Ainsi, il est urgent d’améliorer les capacités prédictives des modèles d’abondance des Culicoides et de réduire les incertitudes associées à l’estimation de paramètres écologiques clés.

Les objectifs de cette thèse sont de développer des modèles de dynamique de population multi-espèces, de les combiner avec des modèles de transmission virale et d’évaluer l’impact de l’incertitude des paramètres sur les estimations de R0. Le(a) candidat(e) aura accès à une série temporelle de données collectées dans le cadre du Réseau National de Surveillance Entomologique des Culicoides, qui depuis 2004, a permis l’identification de plus de 5 millions de Culicoides appartenant à 80 espèces capturés dans 160 sites en France. Des informations et données complémentaires sont également disponibles auprès des entomologistes experts sur les Culicoides travaillant dans l’unité et au travers de la colonie élevée au laboratoire.

Cette thèse de doctorat de trois ans débutera en septembre 2013. Le(a) candidat(e) sera basé(e) en Guadeloupe (Antilles), au sein de l’unité mixte de recherche Cirad-Inra Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (CMAEE), avec des contacts réguliers et missions auprès des membres de l’équipe basés à Montpellier (France). Il/elle travaillera en contact étroit avec des chercheurs de différentes disciplines (modélisateurs, épidémiologistes, entomologistes, etc.) Il/elle devra développer des modèles statistiques et mathématiques de dynamique des vecteurs et de transmission des maladies, en prenant en considération les objectifs pratiques des utilisateurs et les applications sur le terrain des modèles.

Les candidatures d’étudiant(e)s, titulaires d’un Master (ou équivalent), intéressé(e)s par les mathématiques appliquées à la biologie, les dynamiques non linéaires, la bio-informatique, les statistiques Bayésiennes, la modélisation appliquée à l’épidémiologie et à l’écologie, la géomatique et les analyses multivariées sont bienvenues. Une expérience en programmation scientifique sous Linux serait un avantage. La thèse se déroulant en Guadeloupe et impliquant la rédaction d’articles scientifiques en anglais, une maîtrise de l’anglais et du français serait un atout. Il/elle sera amené(e) à effectuer des séjours en France continentale.

Les candidat(e)s intéressé(e)s sont invité(e)s à contacter Dr. David Pleydell (David.Pleydell@antilles.inra.fr) et Dr. Helene Guis (helene.guis@cirad.fr).

Date de limite de candidature : 30 juin 2013
Date de l’entretien : juillet 2013